Triều đình lưu vong Lê Chiêu Thống nằm ở Nam Ninh chờ mãi không thấy quân Mãn Thanh động binh như lời hứa của Tôn Sĩ Nghị. Vua Lê nóng lòng tới Mạc phủ Quảng Tây xin gặp tổng đốc Lưỡng Quảng Phúc Khang An. Hoàng đế Đại Thanh Càn Long đã chấp thuận phong vương cho Quang Trung. Cái triều đình của Lê Chiêu Thống không còn tồn tại nữa. Phúc Khang An tìm cách nói thác đi:
– Thời tiết đã vào hè, việc điều quân xuống phía Nam sẽ bất lợi. Đợi ít nữa sang thu sẽ xuất binh.
Vua Lê thấy Phúc Khang An nói thế tạm yên lòng. Mấy hôm sau Tổng đốc Lưỡng Quảng thiết tiệc Lê Chiêu Thống, Phúc Khang An bầy ra cái trò hết sức thâm độc, khốn nạn. An bảo:
– Việc chuẩn bị cho đại quân thiên triều tiến đánh Tây Sơn phải được chuẩn bị chu đáo hơn lần trước. Để khích lệ dân binh trong nước, vương và các tả hữu nên gọt đầu, để tóc như người Mãn. Quần áo cũng thay đổi. Khi đại quân qua biên ải, các vị dẫn đầu, người An Nam không biết, nghĩ là đại quân nhà Thanh tiến sang sẽ gây tin tưởng và thanh thế lớn hơn.
Lê Chiêu Thống nóng lòng mong quân Thanh sang giúp mình lấy lại ngôi báu nên Phúc Khang An bảo gì nghe vậy chứ không còn đầu óc xem xét phải trái ra sao. Cả ngàn người chạy theo Lê Chiêu Thống đồng loạt thay đổi cách ăn mặc. Nuôi tóc tết đuôi sam, gọt nửa đầu không khác gì người Mãn. Lê Chiêu Thống quỵ lụy thưa:
– Để lấy lại được xã tắc, ngài bắt tất cả dân An Nam mặc theo người Mãn, người Hán chúng tôi cũng xin vâng.
Sau khi biến cả cái triều đình nhà Lê ăn mặc theo phong tục người Mãn, Lê Chiêu Thống về Nam Ninh chờ đợi. Phúc Khang An làm biểu dâng lên vua Càn Long rằng Lê Chiêu Thống đã tự nguyện cắt tóc, ăn mặc như người Trung Quốc và xin được ở lại làm thần dân của Thiên triều. Tự tôn nhà Lê không có nguyện vọng phục quốc nữa. Cuối năm ấy, vua Càn Long có chuyến tuần du Quảng Đông, Lê Chiêu Thống biết tin lạy lục xin gặp bằng được. Càn Long cho gặp. Thấy chúng tha thiết với nước cũ, Càn Long cũng thương cho cái chí cái tình. Vua lệnh đưa cả bọn theo về Yên Kinh.
Thái hậu, Lê Chiêu Thống và hoàng tộc được ở trong khu nhà bên cửa Tây Định. Những quan lại đi theo ở bên cửa đông gần Quốc Tử Giám. Ít lâu sau, tin vua Càn Long phong vương và công nhận Quang Trung – Nguyễn Huệ là vua An Nam đến tai Lê Chiêu Thống. Quần thần ôm nhau khóc như mưa. Vậy mà ý đồ xin quân Thanh về phục quốc Lê Chiêu Thống vẫn không bỏ. Thống cho đám quan lại hàng ngày phục chờ xem vua Càn Long khi nào xuất giá ra ngoài cung. Chiêu Thống làm sẵn tờ biểu quỳ ở cửa dâng lên hoàng đế Đại Thanh. Một hôm Càn Long cho kiệu dừng lại. Viên thị vệ nhận bản tấu dâng lên, Càn Long ban lời khen là có chí và bảo cứ về nơi ở đợi.
Qua năm sau Lê Chiêu Thống biết chắc Càn Long không ủng hộ nhà Lê nữa, liền họp đám quần thần, cắt máu ăn thề và lại dâng biểu lên vua Càn Long xin quân. Nếu hoàng đế Đại Thanh không cho quân, thì xin cho về lấy đất Tuyên Quang, Cao Bằng làm nơi thờ cúng tổ tiên. Hết lần này đến lần khác Càn Long hứa rồi lại hứa. Đám người đi theo Lê Chiêu Thống ngày ngày đến cửa cung gào khóc. Đại thần tổng quản Hòa Thân thấy để thế không được. Hòa Thân lệnh bắt hết đám tay chân của Lê Chiêu Thống đưa đi an trí mỗi người mỗi nơi, cách Yên Kinh vài trăm cây số. Tiếp sang năm sau Lê Chiêu Thống hiểu ra mình đã hết hy vọng phục quốc. Quan lại cận thần không có ai bên cạnh. Tình hình nước nhà mù tịt. Đến cả chuyện lớn là Quang Trung – Nguyễn Huệ đột ngột từ trần, Lê Chiêu Thống cũng không hay biết. Như một kẻ bị giam lỏng, nghĩ tới phận mình, vận nước quá nhiều, Lê Chiêu Thống ngày càng tiều tụy. Năm Quý Sửu, Lê Chiêu Thống đổ bệnh nặng, ngài cho gọi người trong hoàng tộc cùng một số cận thần tới dặn:
– Các ngươi hết lòng theo ta mong cứu vớt xã tắc, phục hưng lại cơ đồ nhà Lê, nhưng lòng trời không dung. Bị người ta lừa gạt mấy lần. Ta đau đớn phải trút hơi thở cuối cùng ở nước người. Sau này khi có dịp về cố quốc, hãy đem nắm xương của ta về chôn cạnh lăng liệt thánh. Còn các ngươi ở lại đây phải luôn nhớ triều đình Mãn Thanh không thương gì ta đâu. Ngày tết, những dịp lễ trọng của nhà Lê phải hướng về nước thắp nén hương bái vọng.
Hoàng Tự tôn Lê Duy Kỳ – Lê Chiêu Thống, vị vua thứ 27 nhà Hậu Lê đi theo tổ tiên vào ngày 16 tháng 6 năm Quý Sửu (1793), năm thứ 58 triều đại Càn Long. Hưởng dương 28 tuổi, ở ngôi được ba năm.
Hoàng đế Càn Long nghe tin Lê Chiêu Thống mất, cho làm ma theo tước công an táng ở Yên Kinh.